Ισόγειο: Το παλαιό εβραϊκό νεκροταφείο
Στο ισόγειο εκτίθενται οι μνημειώδης πέτρες και επιγραφές που βρέθηκαν στην μεγάλη εβραϊκή νεκρόπολη στα ανατολικά τείχη της πόλης. Αυτές οι πέτρες συνοδεύονται με μια σειρά από φωτογραφίες που δείχνουν το νεκροταφείο και τους επισκέπτες του, όπως ήταν το 1914.
Στο ρωμαϊκό νεκροταφείο της Θεσσαλονίκης, που απλωνόταν στο χώρο του Πανεπιστημίου, ανασκάφηκαν τάφοι του 3ου και 4ου αιώνα CE που αποδίδονται σε Εβραίους με βάση τα ονόματα, τα σύμβολα των τοιχογραφιών και επιγραφές. Σε έναν από τους τάφους αυτούς η επιγραφή αναφέρει τη λέξη «συναγωγή» στον πληθυντικό, διατύπωση που δείχνει ότι εκείνη την εποχή υπήρχαν περισσότερες από μία συναγωγές.
Κατά την οθωμανική περίοδο, η εδαφική ζώνη έξω από τα ανατολικά τείχη της Θεσσαλονίκης ήταν αφιερωμένη στην ταφική χρήση. Εκεί βρίσκονταν τα νεκροταφεία όλων των θρησκευτικών ομάδων που κατοικούσαν στην πόλη. Το εβραϊκό νεκροταφείο ήταν το μεγαλύτερο, διότι η εβραϊκή κοινότητα αποτελούσε πλειονότητα και επιπλέον η εβραϊκή θρησκεία απαγορεύει την ανακομιδή των νεκρών. Υπολογίζεται ότι το 1943 το νεκροταφείο περιελάμβανε 300.000 τουλάχιστον τάφους, πολλοί από τους οποίους ήταν τάφοι μικρών παιδιών, λόγω της υψηλής παιδικής θνησιμότητας.
Το νεκροταφείο αυτό καταστράφηκε το 1942 από τους Γερμανούς και τους Έλληνες συνεργάτες τους (με λειτουργική ευθύνη της Γενικής Διοίκησης Μακεδονίας). Από το Δεκέμβριο του 1942 μέχρι τον Απρίλιο του 1943 οι τάφοι διαλύθηκαν, τα υλικά τους χρησιμοποιήθηκαν σε δρόμους και κτίρια, τα οστά διασκορπίσθηκαν. Μετά την κατοχή τα τεράστιο οικόπεδο του νεκροταφείου εκχωρήθηκε από την ελληνική κυβέρνηση (με πράξη υπουργικού συμβουλίου) στο Πανεπιστήμιο Θεσσαλονίκης για την ανέγερση των κτισμάτων του.
Για να μη λησμονηθεί το φρικτό αυτό έγκλημα, το 2014 το Αριστοτέλειο Πανεπιστήμιο Θεσσαλονίκης και η Ισραηλιτική Κοινότητα Θεσσαλονίκης ανήγειραν αναμνηστικό μνημείο.